In deze meesterlijke klassieker van Studio Ghibli vindt de 5-jarige Sosuke aan het strand een goudvis met een meisjesgezicht en noemt haar Ponyo. Ponyo wil graag een mensenmeisje worden, maar haar vader – een onderwatertovenaar – wil dat ze terugkomt naar zee.
Sosuke woont in een klein bergdorp dat uitkijkt over zee. Op een morgen ontdekt hij beneden op het strand een goudvis. Maar de vis zit met haar hoofd vast in een glazen pot. Sosuke bevrijdt haar, geeft haar de naam Ponyo en besluit haar te houden. De twee raken gefascineerd door elkaar. Ponyo wil graag een mensenmeisje worden en bij Sosuke blijven. Maar Ponyo’s vader Fujimoto (hij was ooit een mens, maar is nu een tovenaar die diep in de zee leeft) dwingt haar terug naar huis te komen. Er wacht haar immers een taak, één waar de toekomst van de wereld van afhangt. Een meisje en een jongen. Liefde en verantwoordelijkheid. De zee en het leven zelf. In een tijd van spanning en onzekerheid.